Arrêts maladie limités à 31 jours : ce qui change pour votre TPE

Votre salariée vous envoie son arrêt de travail : un mois, après une opération du genou. Quatre semaines plus tard arrive une prolongation, puis une autre. Si vous recevez plus de prolongations qu'avant, c'est l'effet d'une règle en vigueur depuis le 1er septembre 2026 : un premier arrêt de travail est limité à 31 jours, sauf raison médicale.

Pour le salarié, le droit à l'arrêt reste le même. Pour vous, employeur, un arrêt long arrive maintenant en plusieurs documents, et chacun demande un peu de suivi.

Ce que prévoient les textes

Jusqu'ici, aucune loi ne limitait la durée d'un arrêt de travail. La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 a posé le principe d'un plafond, et le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en a fixé les chiffres pour les arrêts prescrits depuis le 1er septembre 2026 :

  • 31 jours au maximum pour une première prescription ;

  • 62 jours au maximum pour chaque prolongation.

Ces plafonds s'imposent aux médecins, aux sages-femmes et aux chirurgiens-dentistes. Le professionnel de santé peut aller au-delà s'il estime que l'état de santé du salarié le nécessite. Un arrêt long reste donc possible, par dérogation ou par prolongations successives.

La règle ne touche pas les arrêts prescrits avant le 1er septembre : un arrêt de trois mois signé en juillet reste valable jusqu'à son terme. Elle ne s'applique pas non plus à Mayotte.

Ce que ça change pour vous

Vous n'avez toujours pas à connaître le motif de l'arrêt, ni à discuter sa durée. Le rythme, lui, change : une absence de quatre mois peut maintenant arriver en trois documents, l'arrêt initial puis deux prolongations.

Recevoir et classer chaque prolongation

Le salarié doit vous transmettre chaque arrêt dans les 48 heures, prolongations comprises. Quand un document arrive, vérifiez que ses dates suivent bien celles du précédent. Un jour sans arrêt entre deux documents, c'est une absence à justifier, et souvent un simple oubli qu'il vaut mieux régler tout de suite avec le salarié. Rangez ensuite chaque arrêt dans son dossier.

Prévenir la paie à chaque fois

Le maintien de salaire, la subrogation et la prévoyance dépendent des dates de l'arrêt. Transmettez chaque prolongation à la personne qui fait vos bulletins, souvent votre expert-comptable, sinon la paie du mois suivant risque d'être fausse.

Organiser le remplacement

Vous ne connaissez plus la durée de l'absence qu'un ou deux mois à l'avance. Pour remplacer le salarié, un CDD de remplacement peut être conclu sans date de fin précise : il s'arrête au retour du salarié absent, avec une durée minimale à inscrire dans le contrat. Vous évitez ainsi de rédiger un avenant de renouvellement à chaque prolongation.

Compter les jours pour la visite de reprise

Après au moins 60 jours d'absence pour une maladie ou un accident non professionnel, vous devez demander une visite de reprise au service de santé au travail. Elle a lieu le jour du retour ou dans les 8 jours qui suivent. Quand l'arrêt arrive en plusieurs morceaux, le seuil passe facilement inaperçu : additionnez les durées à chaque prolongation.

Pour les arrêts délivrés depuis le 15 juin 2026, cette visite n'est plus requise si le salarié a eu une visite de préreprise dans les 30 jours avant son retour et si le médecin du travail n'y a recommandé aucun aménagement. Vous, le salarié ou le médecin du travail pouvez quand même demander la visite de reprise.

Les outils pour suivre un arrêt

Le kit Temps et absences contient une procédure arrêt maladie (démarches, maintien de salaire, visites médicales) et un tableau Excel de suivi des congés. Ce tableau vous servira aussi pour les congés payés que le salarié continue d'acquérir pendant son arrêt : 2 jours ouvrables par mois d'arrêt pour une maladie non professionnelle. Vous y trouverez enfin une trame d'entretien pour accueillir le salarié à son retour. 12 fichiers, 14,99 € en offre de lancement.

Voir le kit Temps et absences

Quand l'arrêt se complique

Un arrêt qui dure peut déboucher sur une reprise à temps partiel thérapeutique ou sur un avis d'inaptitude du médecin du travail. Ces dossiers sont difficiles à mener seul quand on dirige une entreprise de cinq personnes. Si vous êtes dans ce cas, on peut en parler lors d'un premier échange.

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